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[[Zotero]]を使う。PDFはNAS上のWebDAVサーバーにおいておく（VPN繋いで同期する）

[[Obsidian]]と[[Zotero]]を連携している例

https://publish.obsidian.md/history-notes/00+About+the+Project

マスターのデータベースとしてZoteroがあって、それのアノテーションが本体のPDFと対応できるような形でObsidian内で書けるよ、って感じか

[[Templater]]プラグイン使うと、選択箇所を一つの新しいファイルに切り出すことができるっぽい。(いやテンプレ無しなら標準機能でできるのか)