quartz-research-note/content/論文の管理.md

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title: 論文の管理
tags:
  - research
date: "2024-01-29T15:36:13+09:00"
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[[Zotero]]を使う。PDFはNAS上のWebDAVサーバーにおいておく（VPN繋いで同期する）

## [[Obsidian]]と[[Zotero]]を連携している例

[00 About the Project - Doing History with Zotero and Obsidian - Obsidian Publish](https://publish.obsidian.md/history-notes/00+About+the+Project)

[An Updated Academic Workflow: Zotero & Obsidian | by Alexandra Phelan | Medium](https://medium.com/@alexandraphelan/an-updated-academic-workflow-zotero-obsidian-cffef080addd) ←最近はこっち採用してる

## 共通の下準備

- [[Obsidian]]のプラグインにZotero Integrationをインストール
- [[Zotero]]のプラグインにBetter Bibtexをインストール
- テンプレートファイルを作る。ここでは[[templates/zotero_template|zotero_template]]（Webからは見えない）
- Zotero Integrationの設定でインポート方法に名前をつけてやる。今は`Import from Zotero`とかにしている。 これがコマンドパレットから見えるようになる
- 作られるファイル名が標準だと`{{citekey}}.md`になってる。ここは好みだけど自分は`{{title}}.md`にしてる 


## やり方1:Zoteroから情報を取得して、記事ごとにノートを作る

#### 呼び出し

- コマンドパレットで`Import from Zotero`を呼び出す。
- Zotero側でBetter Bibtexが立ち上がるので、読み込みたい論文を検索して追加する。
	- **ここで、WebDAVのサーバー上にあって手元にPDFがない場合エラーになることがある（OCRかけてるせいかも）。一度PDFを開いて閉じると解決する**
- タイトル名でメタデータを元にしたMarkdownが作成される。

## やり方2:文献情報はZoteroで管理、引用でpandoc citekeyを使う

[An Updated Academic Workflow: Zotero & Obsidian | by Alexandra Phelan | Medium](https://medium.com/@alexandraphelan/an-updated-academic-workflow-zotero-obsidian-cffef080addd)  ここで解説されてるやり方に近い。

- あらかじめ[[Pandoc]]をインストールする
	- Macなら[[Homebrew]]で入れれば良い、↓のプラグインの設定からも入れられるが
- Obsidianにobsidian-pandoc-reference-listをインストール
	- [GitHub - mgmeyers/obsidian-pandoc-reference-list: Display a formatted reference in Obsidian's sidebar for each pandoc citekey in the active document.](https://github.com/mgmeyers/obsidian-pandoc-reference-list) 
	- インストールしたら初めにコマンドパレットでPandoc Reference List:Show Reference Listを押さないとサイドバーにメニューが出てこないので注意
- 設定でZoteroの文献データベースを使うオプションにチェックを入れる。
	- ここではBetter Bibtexプラグインが入ってることが前提
- 引用スタイルはChicago 17th author-dateとかを適当に選ぶ
- `[@Citekey]`で引用できる。引用はプレビューモードにすると勝手に切り替わる

### やり方2のメリット・デメリット

- ノート中の参考文献一覧がサイドバーに出てきて見やすい
- pandoc-citeprocがインストールされてれば、最終的にほぼ丸ごとLaTeXに変換できる
- [[Quartz]]でWebに上げた時にcitekeyがまんま見えるだけで処理されない
	- この辺はQuartzの機能が追加されても厳しいだろうしな
	- Zotero Integration側の設定で作られるファイル名を`{{citekey}}.md`にして、全部インポートしておけば引用するときは`[[@Citekey]]`にすることでWebに上がってても連動することになる。
		- ただこれだとせっかくWikilinkにしてる旨みがなくない？

今の所、論文にするぞーってつもりで書いている記事ではやり方2を採用する方向になりそう。